裝完 scientific-agent-skills 後，這 20 個提示詞可以直接複製測試

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1. 用 Scanpy 讀我目錄下的 sample.h5ad，過濾 mitochondrial gene 比例 > 5% 的細胞，
   做 normalization、log transform，計算 PCA，畫 UMAP 並用 leiden 分群。

2. 用 BioPython 讀這個 FASTA 檔案，計算每條序列的 GC content，
   找出 GC content 最高的 10 條序列輸出成新的 FASTA。

3. 用 pysam 開啟 sample.bam，計算 chr1 上 1000000-2000000 區間的 read depth，
   每 1000 bp 為單位輸出成 CSV。

4. 用 scVelo 跑 RNA velocity 分析，輸入 spliced.h5ad 和 unspliced.h5ad，
   用 dynamical model 估計 velocity，畫成 stream plot。

5. 給定 SMILES 字串 CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O，
   用 RDKit 計算 MolLogP、TPSA、QED、Lipinski's Rule of Five，輸出成表格。

6. 用 DeepChem 載入 Tox21 資料集，訓練一個 GraphConvModel 預測 NR-AR toxicity，
   分割 train/valid/test = 8:1:1，回報 ROC-AUC。

7. 用 DiffDock 把 ligand SMILES 和 receptor PDB 對接，
   輸出前 5 個 pose 的 confidence score 和對應的 SDF 檔案。

8. 用 Datamol 載入這個 SMILES list，做標準化（standardize）和去重，
   計算 Tanimoto similarity matrix，找出兩兩相似度 > 0.7 的化合物對。

9. 從 PubChem 查 CID 2244（aspirin）的分子量、SMILES、InChI、
   以及前 5 個 bioassay 結果，整理成 Markdown 表格。

10. 用 ClinVar API 查 BRCA1 基因所有 pathogenic variant，
    輸出 variant ID、位置、臨床顯著性，按出現頻率排序前 20 筆。

11. 從 ClinicalTrials.gov 找所有 phase 3、status 為 recruiting 且
    condition 是 "non-small cell lung cancer" 的試驗，列出前 10 筆的 NCT ID 和標題。

12. 從 UniProt 查 human TP53（P04637）的所有已知 PTM 位置，
    分類成 phosphorylation / acetylation / ubiquitination，標註對應的胺基酸位置。

13. 從 AlphaFold DB 下載 UniProt P04637 的預測結構，
    抓出 confidence score (pLDDT) > 90 的 residue 區段，輸出成 BED 格式。

14. 用 OpenMM 跑一個 100ps 的 MD 模擬，輸入 PDB 1ake，
    用 AMBER ff14SB force field 在 TIP3P water box 中模擬，每 1ps 存一個 frame。

15. 給定兩個 PDB 結構 1ake.pdb 和 4ake.pdb，
    用 RMSD 對齊並計算每個 residue 的 RMSF，找出位移最大的 10 個 residue。

16. 從 PDB 抓 1crn 的結構，計算所有 disulfide bond 的距離，
    並用 PyMOL 風格的 selection syntax 列出形成 SS bond 的 cysteine pair。

17. 從 PubMed 搜尋 "CRISPR base editing 2024-2025" 的 review article，
    抓前 10 篇，整理成包含 PMID / 標題 / 第一作者 / 期刊 / 一句話摘要的表格。

18. 從 arXiv 抓 q-bio 分類過去 7 天的論文，
    篩選標題包含 "single-cell" 或 "spatial transcriptomics" 的，輸出摘要 + arXiv ID。

19. 把這份 IC50 實驗數據（CSV）畫成 box plot，
    比較 control 和 treatment 兩組，標註 t-test p-value 和顯著性符號。

20. 用 BibTeX 整理我引用的 30 篇文章，自動修正錯字、補齊 DOI、
    統一格式成 Nature 風格，輸出 references.bib。